Programvara för mikrobiologi

Förutom mikroskop och Petri-dish är datorer ett viktigt verktyg för mikrobiologer. Programvara för mikrobiologisk forskning inkluderar verktyg som används i andra vetenskapliga och ingenjörsmässiga discipliner samt specialiserade applikationer för studiet av bakterier och andra mikroorganismer. Många applikationer utvecklade av statliga myndigheter, ideella stiftelser eller akademiska forskare finns tillgängliga som fri programvara att ladda ner och använda efter behov.

Visualiseringsverktyg

En fysisk eller mental bild av rådata kan hjälpa dig att bättre förstå dess kvalitet, betydelse och implikationer. Open source‑ och kommersiell mjukvara för data‑visualisering är allmänt tillgänglig för mikrobiologisk forskning. Skapa diagram och grafer med LibreOffice Calc, Microsoft Excel eller Mondrians datavisualiseringssystem. Applikationerna Cell-O och RasMol gör det möjligt att skapa 2‑D- och 3‑D-animerade modeller av biologiskt betydelsefulla molekyler såsom proteiner och aminosyror.

Matematisk modellering

Stora samlingar av mikrobiologiska data ger ofta mer meningsfull information när de numeriskt analyseras. MATLAB, Octave och SciPy‑paket utför matematisk förfining, analys och modellering av forskningsdata. Använd dessa paket för att uppskatta parametrar genom kurvpassning, göra epidemiologiska prognoser, simulera bakterieväxt samt eliminera brus eller stokastiska effekter. De kan även utföra statistiska beräkningar som variansanalys eller chi‑kvadrat‑tester.

Genomik och bioinformatik

Mikrobiologisk programvara hjälper också till att visualisera och extrahera information från sekvenserna av nukleinsyror som utgör ett mikroorganisms DNA. Open Bioinformatics Foundation tillhandahåller gratis, öppen källkod för DNA‑sekvensering och analys som BioJava och Biopython, vilka extraherar data från genombanker, tolkar ett organismes DNA‑kod och jämför det med andra DNA‑prover. Ytterligare genomanalyspaket inkluderar Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package (PHYLIP) samt Sequence Manipulation Suite (SMS).

Referensprogramvara

Den snabba utvecklingen inom mikrobiologi och förändrade statliga regler gör det nödvändigt för mikrobiologer att ha omedelbar tillgång till information som påverkar deras arbete. HUGO är ett kommersiellt mjukvarupaket som ger aktuella uppgifter om verktyg, kemikalier, utrustning, kulturmedier, säkerhetskrav, nya organismer, taxonomiska förändringar och antibiotika. Dessutom kan mikrobiologer inom livsmedelsvetenskap använda ComBase Browser‑webbapplikationen för att få tillgång till livsmedelsrelaterad mikrobiologisk data från myndigheter i Storbritannien, Australien och USA.